Flodnejonögat (Lampetra fluviatilis) upptogs på den svenska rödlistan över hotade arter 2005. Därför genomförde Länsstyrelsen i Jönköpings län inventeringar av Vätterns tillflöden under 2006, 2007, 2009 och 2011. Förutom i vilka Vätterbäckar lekande flodnejonöga förekommer, ville man belägga vilka bäckar som är viktigast ur reproduktionshänseende, när lekvandringen äger rum och om det finns individer som vandrar upp redan under hösten. Dessutom ville man klargöra vilken typ av vandringshinder som är definitiva för flodnejonögats vandring uppströms. År 2010 gjordes en ny bedömning av det svenska beståndet av flodnejonöga, som nu anses vara livskraftigt och arten är inte längre rödlistad.
Resultatet av inventeringarna var över förväntan och lekvandrande flodnejonöga påträffades i 39 av 86 undersökta vattendrag. Inventeringarna utfördes med nettingfällor och genom okulärbesiktning Flera av de bäckar som mynnar i södra och västra delarna av Vättern tycks vara viktiga för flodnejonögats reproduktion, framförallt Gagnån, Domneån, Knipån, Röttleån, Hökesån, Hornån och Bäckebobäcken. De sammanfattande resultaten tyder på att beståndet av flodnejonöga i Vättern kan anses vara livskraftigt.
Sammanlagt okulärbesiktigades 75 vattendrag runt Vättern. I 16 av dessa vattendrag observerades aktiv lek, i sex vattendrag observerades flodnejonöga samt lekgropar och i sju vattendrag observerades flodnejonöga (döda eller levande) men inga lekgropar (Figur 11). I 46 av de inventerade vattendragen observerades inga flodnejonögon. På flera av dessa platser fanns olika typer av vandringshinder, eller så var vattnet stillastående och det saknades lämpligt leksubstrat. De vandringshinder som är definitiva för flodnejonöga är inte de samma som för exempelvis öring, som kan hoppa. Fisktrappor och vägtrummor med mynningen ovan vattenytan kan därför utgöra definitiva hinder för flodnejonögat. Dammar utan omlöp utgör ofta hinder, likaså naturliga fall, hällar, områden med mycket brant stigning och vallar av sten och grus.
Flodnejonögat verkar föredra bäckar där nedre delen av vattendraget består av sand. Består bottensubstratet däremot av lera eller block finner man mer sällan arten. Vattenströmningen får inte vara för stark, i övrigt tycks flodnejonögat vandra upp i bäckar där mynningsområdet är lugnflytande till strömmande. Tidigare studier har antytt att vattentemperatur och vattenföring är de viktigaste faktorerna för att initiera lekvandringen. I de tre vattendrag som följdes i vandringstidsstudien nådde lekvandringen sin topp mellan april och maj, då vattentemperaturen var mellan 3-13ºC. I Hökesån fann man ett samband mellan temperatur och abundans av flodnejonöga, men inte i Knipån och Gagnån. Inte heller vattenföring tycktes vara avgörande för när toppen inträffar.
Tidigare har man trott att lekvandringen i Vätterns tillflöden inte sker förrän på våren. Inventeringarna visade att flodnejonögat framförallt vandrar upp i vattendragen på våren, men även förekommer i Vätterbäckarna under hösten och vintern, vilket inte tidigare var känt. Det är dock troligt att lekvandring under höst och vinter endast sker i de tillflöden som är tillräckligt stora för att övervintring ska vara möjlig.