Mot bakgrund av sviktande fångster av röding och sik beslutade Fiskeriverket 2004 om nya fiske- och förvaltningsåtgärder för att stärka bestånden av dessa arter i Vättern. Bland annat har en för större inlandsvatten helt ny åtgärd införts, totalfredning. Tre större områden, motsvarande ca 15 % av Vätterns yta, har stängts för allt fiske (utom för fiske efter signalkräftor). Den totala fredade ytan (250 km2) utgör det näst största för fiske totalfredade området i Sverige (marina områden inkluderade). Områdena är jämnt spridda mellan sjöns södra, mellersta och norra delar. En motsvarande fredning i så stora sjöar har aldrig tidigare genomförts, varken i Sverige eller i någon annan del av Europa. För att övervaka och jämföra utvecklingen hos bestånden i och utanför de för fiske stängda områdena har riktade provfisken med nät med varierande maskstorlekar (10-60 mm) utförts före (2005) och efter (2006-2007) fiskeförbudet infördes.

På grund av den svaga beståndsstatusen hos röding har det utöver nya fiskeregler också bedömts vara av stor vikt att inventera lekaktiviteten på rödingens lekplatser. Flertalet av de historiskt kända lekplatserna finns dokumenterade och har nyligen sammanställts av Essvik (2004). För att kunna göra en statusbedömning av rödingens lek på dessa lokaler initierades 2004 en förnyad fältundersökning. Under 2004-2006 har inventeringsfisken gjorts på dessa lokaler i samband med rödingens lek. Huvudsyftet var att undersöka vid vilka av dessa lokaler det i dagsläget förekommer rödinglek. Under 2005-2006 genomfördes även en intensivstudie på tre utvalda lekområden; Kärraviken, Stava och Rosenlundsgrundet. Samtliga fångade rödingar under 2005 och 2006 har märkts med så kallade floy-tags (T-bar anchor tags).

Inventeringen av rödingens lekgrund har tillsammans med nätprovfiskena också möjliggjort en storskalig insamling av genetiskt material från vuxen röding och sik. Genom att använda sig av genetiska markörer i form av så kallade mikrosatelliter har undersökts huruvida det, i likhet med många andra laxfiskar, finns genetiskt skilda, unika, populationer av röding respektive sik i Vättern. I samband med märkningen har därför små vävnadsprover (bit av bröstfena) samlats in för senare analys på Sötvattenslaboratoriets genetiska laboratorium. Resultaten visar att den genetiska differentieringen hos Vätternröding är relativt låg vilket innebär att rödingen i förvaltningshänseende kan betraktas som en sammanhållen population. En liknande analys på sik visar dock att siken i Vättern har minst två genetiskt skilda typer som bör behandlas var för sig i kommande bedömningar av status och fiskereglering.

Resultaten av provfiskena visar att både sik- och rödingfångsterna ökat i sjön som helhet sedan de nya reglerna infördes 2005. Inga tydliga, statistiskt säkerställda lokala effekter i de fredade områdena kunde dock påvisas. Vissa tendenser till en skild utveckling över tiden i de fredade områdena jämfört med i de där fiske varit tillåtet fanns dock. Stora sikar har haft en snabbare ökning inne i de fredade områdena till skillnad från de områden där fiske tillåts. Det finns också en viss tendens till ökade fångster och ökad medelstorlek hos röding i de fredade områdena relativt de områden där fiske tillåts.

Vid inventeringen av rödinglekplatserna under 2004-06 bedömdes att aktiv rödinglek med säkerhet äger rum på knappt hälften av de besökta lokalerna. Röding påträffades även vid ytterligare ett antal lokaler, dock utan att lekmogna honor med säkerhet kunde observeras. Det är dock anmärkningsvärt att ingen röding över huvudtaget påträffades på 13 av de historiskt kända och betydelsefulla lekplatser som beskrivits av Essvik (2004). Geografiskt ligger de i nuläget mest aktiva lekområdena i sydöstra och nordöstra delarna av Vättern. Ofta rör det sig om större områden med lek
Fiskefria områden i Vättern 12 på flertalet ytmässigt mindre, avgränsade leklokaler. Utmed Vätterns östra kant, speciellt i den södra delen, sker troligen en relativt utbredd strandlek på längre sträckor.

Rödingens lekperiod i Vättern är utdragen i tiden till följd av vattentemperaturskillnader mellan den norra, grundare delen och den djupa, södra delen. En markant ökning av andelen honor sker mot slutet av lekperioden (vid den så kallade högleken), och huvuddelen av rommen läggs troligen under denna period. Röding uppehåller sig ofta på lekplatserna även en tid efter leken, framför allt hanarna. Den samlade kunskapen motiverar den nuvarande lekfredningstiden som sträcker sig ända från den 15 september till den 15 december.

Totalt märktes och återutsattes 411 rödingar åren 2005-2006, de återfångster som skett under lekperioden tyder på att rödingen är relativt trogen sina lekområden. Då antalet återfångade individer hittills varit få har ingen ytterligare utvärdering gjorts av detta material.

Jämfört med 70- och 80-talet har sikens kondition och tillväxt minskat. Detta kan delvis förklaras av minskad produktivitet. Vätterns totalfosforhalt har sedan slutet av 60-talet minskat från ca 10 till 4 μg/L. En annan anledning till minskad tillväxt är ökad konkurrens om bottenfauna i takt med ett minskat uttag av sik i fisket och ett därmed växande sikbestånd. Fenomenet med svag tillväxt är som mest accentuerat under den period då sikarna är beroende av bottenfauna. Täthetsberoende processer kan eventuellt bromsa en positiv effekt av fredningsområden.

Sammanfattningsvis tycks fångsten i provfiskena ha ökat för 4 av 5 målarter för fisket sedan de nya reglerna infördes. Att den negativa trenden för röding vänt i samband med införandet av de nya fiskereglerna är positivt men det är tyvärr i dagsläget mycket svårt att med säkerhet bedöma om ökningen beror på de nya reglerna eller en minskad fiskeansträngning i nätfisket på grund av att fisket numera inriktas mot den mer lukrativa signalkräftan. Trots ökningen i fångst under det aktuella tidsintervallet är situationen för rödingen i Vättern alltjämt mycket bekymmersam. I jämförelse med tidigare provfisken under 70- och 80-talet var fångsterna under perioden 2005-2007 i medeltal knappt 2 % av den nivå de låg på tidigare. Denna siffra är något osäker men det råder dock ingen tvekan om att beståndet gått kraftigt tillbaka.