Hökesån klassas i arbetet med miljömålet Levande Sjöar och Vattendrag som nationellt särskilt värdefull för fisket och nationellt värdefull för naturvården. Ån kantas även av ett flertal kulturhistoriska lämningar och i närmiljön växer bl.a. strutbräken, skogsstarr, lundarv och hässleklocka. Hökesån utgör lek- och uppväxtområde för Vätteröring och reproduktionsområde för Vätterharr. Även de rödlistade arterna flodpärlmussla och flodnejonöga förknippas med ån.

Klicka på de utmärkta områdena för mer information om respektive åtgärd

Kalkning i den övre delen av Hökesån började 1980. Efter 2005 har ingen kalk tillförts området eftersom ån har återhämtat sig. Kalkningen bidrar till att bevara bland annat den försurningskänsliga öringen och flodpärlmusslan i ån.