Fem miljöfrågor är speciellt aktuella för Vänern:

1. Ta fram åtgärdsplaner för övergödda vikar och vattendrag till Vänern
2. Kartlägg och sanera förorenade områden i tillrinningsområdet
3. Håll strandängar, sandstränder och fågelskär öppna genom slåtter eller bete
4. Skydda och bevara viktiga natur- och friluftsområden.
5. Byt ut miljöfarliga produkter, kemikalier och bekämpningsmedel

Åtgärdern är speciellt prioriterade i Vattenvårdsplanen för Vänern (2006). Åtgärderna behövs för att nå de nationella miljömålen och Vänermålen (Mål och åtgärder. Vattenvårdsplanen för Vänern, 2006).

Sedan vattenvårdsplanen togs fram har arbetet med EU:s vattendirektiv tagit fart. Prioriterade områden för Vänern är de övergödda vikarna och några åar, vattenförekomster som inte klarar direktivets krav på minst god ekologisk status.