Två olika vegetationsförändringarna har skett i Vänern; dels har vassen ökat innan 1975 och dels växer buskar och träd upp på tidigare kala stränder och skär. Orsaken till förändringarna är oklara men beror troligen på flera faktorer som vattenregleringen av Vänern, ändrat klimat, ökat kvävenedfall och minskat betestryck. Grunda lekområden för fisk och andra arter har växt igen av vass och detta har sannolikt påverkat flera fiskarter. Öppna sandstränder och strandängar håller också på att växa igen och därför försvinner många växter och djur som är beroende av att markerna är öppna. Även tidigare kala fågelskär håller på att förbuskas och har övergetts av häckande sjöfåglar. Framför allt tärnor och skrattmåsar vill ha fri sikt när de häckar och de behöver idag flytta längre ut i skärgården för att finna kala skär. Innerskärgårdarnas fågelliv håller därför på att utarmas.
Åtgärdsarbete
I en projektplan finns förslag på undersökningar som behövs för att ta reda på varför igenbuskningen skett och vassen ökat (Strand & Weisner, 2002). Finansieringen av undersökningarna är dock inte löst. I flera kommuner görs röjningar av igenväxta fågelskär och vassen klipps utanför exempelvis badplatser och i trånga sund. Fler betade strandängar behövs.