Länsstyrelsen i Jönköpings län är förvaltare av Store Mosse nationalpark. Dessutom har Länsstyrelsen i uppdrag att förvalta och driva naturum Store mosse.
Länsstyrelsen i Jönköpings län har fyra anställda personer som arbetar med att sköta om nationalparken, informera och guida besökare och driva naturum. Det finns en skötselplan för nationalparken som bestämmer vilka skötselåtgärder som man ska arbeta med.
Länsstyrelsen får varje år pengar från Naturvårdsverket för detta arbete. Den årliga driftsbudgeten för nationalparken och naturum är på ungefär 3,6 miljoner kronor.